唐代置石牛县，属南寿州治。

宋代置中平县，大观四年，废中平县，并入庆远府河池县。

元代置独山州蛮夷军民长官司。

明代弘治七年（公元1494年）设置独山州。

民国改设独山县，将三脚屯州峒分设三合县，后为贵州省八个行政督察区中的第二行政督察区的专员公署所在地，时为贵州省的第四大城市，国统区第十四大城市。

1949年11月19日解放，将贵州省第二行政督察区改设为独山专区。1957年独山县，荔波县，平塘县（部分）三县合并，1961年三县分设，独山县沿用。