2012年，独山县辖一城六区(即:独山大学城、贵州独山经济开发区、麻尾工业园区、独山高新技术产业园区、独山现代农业产业园区、独山紫林山国家森林公园文化旅游产业园区、独山城乡统筹改革实验区)和8个镇，7个乡、3个民族乡:城关镇、兔场镇、麻万镇、基长镇、上司镇、下司镇、甲里镇、麻尾镇、尧梭乡、羊凤乡、甲定水族乡、翁台水族乡、本寨水族乡、水岩乡、打羊乡、尧棒乡、黄后乡、董岭乡。

2013年07月，贵州省人民政府批准独山县行政区划调整:撤销城关镇、尧梭乡、羊凤乡，设置百泉镇;撤销麻尾镇、黄后乡、董岭乡和尧棒乡，设置新的麻尾镇;撤销兔场镇、甲定水族乡、翁台水族乡，设置影山镇;撤销基长镇、水岩乡，设置新的基长镇;撤销本寨水族乡，设置玉水镇;撤销上司镇、打羊乡，设置新的上司镇，以原上司镇、打羊乡及甲里镇的甲里村、峰洞村、角寨村地域为新设置的上司镇行政区域;撤销甲里镇，将原甲里镇四九村、星朗村划入下司镇，设置新的下司镇，以原下司镇和甲里镇四九村、星朗村地域为新设置的下司镇行政区域;原麻万镇建制不变。 

2019年7月，贵州省人民政府同意独山县从百泉镇析置井城街道。

截止2019年8月，独山县辖1街道、8镇:井城街道、百泉镇、麻尾镇、影山镇、基长镇、玉水镇、上司镇、下司镇、麻万镇。